Начиная с барона де Каронделет до эквадорского президента Рафаэля Корреа, этот дворец за 210 лет своего существования в качестве резиденции верховного руководства административного центра испанской короны, а затем и независимой Республики, всегда был центром политической истории Эквадора. Хотя от первоначальной постройки после трех практически полных реконструкций мало что осталось, стены этого исторического здания еще хранят важные события из жизни страны. Здесь, например, в 1875 году группой студентов был убит президент, объявивший себя диктатором, Габриэль Гарсиа Морено – на месте, где он упал, установлена мемориальная доска. Президент вошел в здание по южной лестнице, когда группа заговорщиков затаилась между колоннами и атаковала его с пистолетами и мачете.
В начале XXI века именно здесь произошло символическое свержение президента Хамиля Мауад: 21 января 2000 года группы аборигенов, протестовавших против отмены национальной валюты и перехода на американский доллар, захватили дворец, сняли с флагштока Национальный флаг Эквадора и подняли многоцветный huipala – флаг всех цветов радуги, символ индейских народностей. Нынешняя резиденция правительства была основным местом развития событий, связанных и с так называемым Первым криком независимости в 1809 году, и с резней патриотов Кито в 1810 году. Здесь бывали Освободитель Симон Боливар и Папа Римский Иоанн Павел II, помимо множества руководителей и августейших особ из разных стран.
По словам историка Альфонсо Ортиса, первоначально на месте Дворца Каронделет был обычный колониальный дом, построенный еще в 1570 году и почти полностью разрушенный во время землетрясения 1627 года. Своим именем здание обязано испанцу Франциско Нестору барону де Каронделет, президенту Королевского административного округа Кито, который в 1801 году начал и в 1810 году сумел довести до конца, при участии испанского архитектора Антонио Гарсиа, грандиозные работы по реконструкции исторического комплекса. В 1842 году первый эквадорский президент Хуан Хосе Флорес распорядился построить фронтоны и колоннады в стиле неоклассицизма, этот вид здание сохраняет до сегодняшнего дня. Архитектором дворца в ходе этой реконструкции был итальянец Теодоро Лавессари.
Известный роман Huasipungo писателя Хорхе Исааса был создан именно в стенах Дворца эквадорского правительства. Писатель работал в том крыле, где размещено Казначейство министерства финансов.
Нынешний президент Эквадора, Рафаэль Корреа принял решение переместить резиденцию правительства на юг Кито, на территорию военной базы.